揭秘川农大科研成果背后故事：登上Cell前，曾被

张喆 四川在线记者 史晓露

5月28日，全球顶尖学术期刊Cell在线发布了四川农业大学国家重点实验室、水稻研究所李仕贵与钦鹏教授团队联合中科院遗传与发育生物学研究所梁承志研究员团队完成的题为“Pan-genome analysis based on 33 high-quality assemblies provides insights into hidden genomic variations in rice”（基于33个水稻遗传多样性材料的泛基因组分析揭示”隐藏”的基因组变异）的研究论文。该研究在水稻基因组中首次鉴定到大量尚未发现的“隐藏”变异，阐明其在调控水稻农艺性状的重要作用。

钦鹏教授

此外，科研人员还首次构建了水稻图形基因组，是水稻中迄今最为完整的基于图形结构的泛基因组，将为水稻研究提供高质量的基因组和遗传变异资源。该论文被Cell审稿人评价为“泛基因组学研究的经典之作”。

消息一出，引起了农业科技界广泛关注。在这些重大突破背后，有哪些科研故事？在登上世界顶尖学术期刊之前，团队又面临过哪些困难？

强强联合 潜心钻研十余载

“有了这份研究基础，我们可以更好更快地挖掘优异基因运用到育种中。”李仕贵说，长期以来他们都在寻找优异基因，希望进一步改良水稻产量和品质。

为了寻求突破，早在2010年，李仕贵团队就与中科院遗传与发育研究所梁承志团队开始了联合研究攻关。

“两个团队各有所长，各尽其能。”李仕贵介绍，梁承志团队擅长生物信息学与基因组学分析，李仕贵团队对水稻了解更深，在重穗型杂交稻遗传育种方面取得了突出成绩，擅长解读数据背后的生物学意义和育种利用价值。

不过早期由于技术受限，虽然看到了很多基因，但基因测序的精度不够，很难真正运用到育种中。

李仕贵、钦鹏团队及Cell文章部分作者合影

科研突破也需要靠科技进步推动。转机在2015年出现，运用最新的分子测序技术，梁承志和李仕贵团队完成了一套近乎完整的蜀恢498基因组序列，成为当时所有高等动植物中组装质量最高的基因组。

这不仅有利于以蜀恢498为代表的重穗型杂交稻骨干亲本中优异等位基因挖掘和利用，也将为整个籼稻优异等位基因的挖掘和利用提供重要参考。

不过，研究并未止步不前。在发现了一两个水稻材料的基因组结构变异后，李仕贵又提出，要把研究再往前推进一大步，“去发现更多的结构性变异。”

他们选取了遗传背景具有高度代表性的33个水稻材料，包括亚洲栽培稻各亚群代表性材料和非洲栽培稻材料，以及水稻生产和育种上广泛使用的优良品种和核心亲本材料，并对其中31份进行了长片段测序、高质量基因组组装及基因注释。

“罗马城不是一天建成的。”面对困难，钦鹏常常用这句话鼓励大家。在研究遇到最困难的时候，李仕贵每天晚上都来到实验室，为大家加油打气，进行指导。

最终，他们鉴定到了大量准确可靠的基因组“隐蔽”变异基础，围绕这些基因组序列变异进行了大量分析研究工作。

“此研究打开了结构性变异研究的大门。”李仕贵表示，推进水稻高质量泛基因组研究，将为研究水稻等作物进化与驯化、基因组研究、种质资源的精准评价、优良基因的挖掘、基因功能解析奠定坚实基础，为解决种源“卡脖子”问题中的优异基因资源发掘与利用奠定了良好基础。

发稿前曾被“拒稿”

“一开始就决定要向Cell投稿。”李仕贵说，“我们的研究的创新性、新颖性都达到了Cell的用稿标准。”

然而，怀着紧张的心情翘首以待了1个月后，团队收到的审稿意见却是“拒稿”。

“虽然论文被拒，但几个审稿人都承认了我们研究数据的重要性，同时提出了很多很好的意见。”当有人提出干脆改投其他级别低一点的期刊时，李仕贵和钦鹏却认为这是一次很好的提高论文质量的机会。

李仕贵教授

经过一年紧张忙碌的修改，他们形成了一份不加附件都有97页的论文，其中对审稿人意见的回复就有24页。钦鹏将修改后的论文再次发送给Cell编辑。

经过几天紧张的等待，编辑同意再给一次送审的机会。面对这仅有的一次机会，团队又花费了整整一个月的时间修改，才最终正式投稿。当再次收到审稿人的邮件时，钦鹏终于放下心来。“这次审稿人的意见很好，尽管还有些小问题，可以说我们终于打动了审稿人。”当最终收到Cell的正式接收函时，团队非常平静，“一切都是水到渠成。”

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